กองบริหารการวิจัย มีหน้าที่สนับสนุนการบริหารจัดการด้านการวิจัย ภายใต้การบังคับบัญชาของรองอธิการบดีและผู้ช่วยอธิการบดีที่ได้รับมอบหมายจากอธิการบดีให้กำกับดูแลงานด้านการวิจัย ผ่านคณะกรรมการบริหารงานวิจัยมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ และคณะอนุกรรมการด้านการวิจัยชุดต่างๆ

     กองบริหารการวิจัย เดิมมีสถานะเป็นหน่วยงาน ระดับงาน ชื่อ งานส่งเสริมการวิจัย ภายใต้สังกัดกองบริการการศึกษา สำนักงานอธิการบดี ต่อมา ในการประชุมสภามหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อวันที่ 26 พฤษภาคม 2551 ได้มีมติยกสถานะหน่วยงานเทียบเท่ากองตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ พ.ศ. 2531 เป็น สำนักงานบริหารการวิจัย ตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ว่าด้วยการจัดโครงสร้างสำนักงานอธิการบดี (ฉบับที่ 2) พ.ศ.2551 ประกาศ ณ วันที่ 30 พฤษภาคม 2551 ได้แบ่งส่วนงานเป็น 2 งาน ได้แก่

     1. งานวางแผนและบริหารงานวิจัย

     2. งานส่งเสริมและเผยแพร่งานวิจัย

     ต่อมา ได้มีการแก้ไขโครงสร้างการแบ่งส่วนงานและหน้าที่ความรับผิดชอบของหน่วยงาน เพิ่มเติมอีก 1 งาน ได้แก่ งานวารสารทางวิชาการและระบบข้อมูลการวิจัย ตามข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ว่าด้วยการจัดโครงสร้างสำนักงานอธิการบดี (ฉบับที่ 7) พ.ศ. 2556 ประกาศ ณ วันที่ 18 กุมภาพันธ์ 2556 เพื่อให้ดำเนินการตามเป้าประสงค์ของมหาวิทยาลัยในการมุ่งสู่การเป็นมหาวิทยาลัยวิจัย (Research University)

     ปัจจุบันจากข้อบังคับมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ว่าด้วยการจัดตั้งและบริหารส่วนงานที่มีหน้าที่สนับสนุนการดำเนินงานสภามหาวิทยาลัยและการบริหารมหาวิทยาลัย พ.ศ.2556 ได้มีการปรับปรุงโครงสร้างส่วนงานที่ทำหน้าที่สนับสนุนการบริหารมหาวิทยาลัย เพื่อพัฒนาและบูรณาการงานด้านการบริหารจัดการมหาวิทยาลัยให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้นและเพื่อรองรับการเข้าสู่การเป็นมหาวิทยาลัยในกำกับของรัฐ กำหนดให้สำนักงานบริหารการวิจัย เป็น กองบริหารการวิจัย ที่มีฐานะเทียบเท่ากองตามประกาศทบวงมหาวิทยาลัย ที่ว่าด้วยการแบ่งส่วนราชการภายในมหาวิทยาลัย และเป็นส่วนหนึ่งของสำนักงานบริหารวิชาการและพัฒนานักศึกษา ที่ประกอบด้วย กองบริการการศึกษา กองกิจการนักศึกษา กองวิเทศ-สัมพันธ์ และกองบริหารการวิจัย ตั้งแต่วันที่ 1 ตุลาคม 2556 เป็นต้นไป